L'abbaye Notre-Dame de Quincy, rattachée à l'ordre cistercien, est fondée en 1133 par douze moines venus de l'abbaye de Pontigny : il s'agit du sixième établissement créé par cette dernière. L'église abbatiale est consacrée en 1139. L'abbaye est prospère à ses débuts : forte de cent cinquante moines, elle possède quatorze granges et maisons urbaines, six à sept moulins ainsi que des celliers à vin à Auxerre, Chablis et Épineuil. L'église abbatiale sert de nécropole à la puissante famille des Courtenay apparentée au roi de France.

Dès le XIIIe siècle, elle est le siège de conflits internes et de querelles de voisinage. Elle est endommagée par la guerre de Cent Ans, mais retrouve une certaine prospérité à la fin du Moyen Âge. Durant les guerres de religion, son abbé commendataire, le cardinal de Coligny, se convertit à la foi protestante. Les moines qui occupent l'abbaye à l'époque sont presque tous massacrés et un incendie ravage une partie des bâtiments. L'abbaye subsiste sans éclat au XVIIe et au XVIIIe siècle.

À la Révolution française, en 1791, l'abbaye qui n'est plus occupée que par quelques moines, est vendue comme bien national. Elle est rachetée en 1822 par le propriétaire du château de Tanlay et ses bâtiments deviennent le siège d'une exploitation agricole. Les bâtiments sont inscrits au titre des monuments historiques depuis 1926. Plus récemment, les bâtiments ont été libérés de leur usage agricole et des travaux de restauration ont été entrepris. L'abbaye est désormais ouverte à la visite.

Depuis mars 2022, Pere Boniface Hill vous accueille et vous guide a la visite.